1920: Založení
První Francouzský institut v Praze založil v roce 1920 Ernest Denis, francouzský historik, znalec českých dějin a přítel Čechů, zakladatel Institutu slovanských studií v Paříži a především jeden z hlavních strůjců vytvoření Československa v roce 1918. Institut navázal na Francouzskou alianci, která v Praze působila od roku 1886 a dal konkrétní podobu vzájemnému poutu, které existovalo mezi Francií a mladou Československou republikou.
1922 – 1938: Vrcholné období
V období mezi dvěma světovými válkami se Francouzský institut v Praze stal opravdovou universitou s literární, právní a vědeckou sekcí. Mezi jeho nejslavnější profesory se řadí Hubert Beuve-Méry, který přednášel mezinárodní právo a Vladimir Jankélévitch, který přednášel filosofii. Tato miniaturní universita, která od 1.října 1930 sídlila ve Štěpánské 35, nabývala na lesku. V roce 1934 má Institut asi patnáct profesorů a přibližně pět set studentů. Bezplatné kursy francouzštiny navštěvuje každý večer tisíc posluchačů ve dvou výukových blocích od 19 a 21 hodin. Knihovna o 10 000 svazcích přitahuje stále více čtenářů a narůstá počet výpůjček. Na jaře 1935 přijíždí do Prahy za doprovodu Paula Eluarda André Breton a pronese zde slavnou přednášku na téma „legendární kouzla Prahy“.
1939 – 1951: Temné roky
Mnichovská dohoda, německá okupace Prahy, která zasáhla i Institut, a pozdější Pražské povstání znamenalo konec této intenzivní činnosti. Od roku 1945 do roku 1948 počet studentů vytrvale klesá, přednáškové sály zejí prázdnotou. V roce 1949 přijde udání, které Institut označí za špionážní centrum a 1.května 1951 Institut musí své brány uzavřít. V tomto období se ještě podaří uspořádat návštěvu Sartra, Aragona a Elsy Triolet. Jen občas se dveře pootevřou: v roce 1967 je zpřístupněna francouzská čítárna a v roce 1979 jsou zahájeny kursy francouzštiny pro dospělé.
Po roce 1989: Nová éra
Po sametové revoluci Institut znovu oficiálně otevírá své brány. Od roku 1990 se jeho činnost rozbíhá naplno. 9.prosince 1993 Václav Havel a François Mitterand slavnostně otevírají nové prostory. Jen adresa se nemění : Štěpánská 35.